Seit 2018 beschäftigt sich das Stadtmuseum mit der systematischen Überprüfung der Eingänge von 1960 bis 1999. Dies geschieht in einem Projekt zur Ermittlung der Ankäufe beim Kunst- und Buchhandel, auf Flohmärkten sowie von Tübinger Privatpersonen. In diesen Zeitraum fällt die aktivste Ankaufsperiode des Museums. Allein von 1980 bis 1990 kamen über 20.000 Objekte in die Sammlung, also weitaus mehr als jemals zuvor und bis heute unerreicht. Dieser Auftrieb konnte kaum bewältigt werden; vielmehr warf er die Dokumentation der Objekte um Jahre zurück. Noch heute sind viele Objekte subsummiert unter einer Nummer und als Konvolut erfasst, wenn sie zum Beispiel aus einem Nachlass kommen oder als eine Schenkung eingingen.

Um die geschlossene Bearbeitung zu gewährleisten, wurde zunächst ein Fokus auf Bücher und Buchkunst gelegt. Sie haben für Tübingen als Universitätsstadt eine besondere Bedeutung, da hier bereits 1498 das erste Buch gedruckt wurde, sich seither bedeutende Verleger hier etablierten und wichtige Werke von Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftlern vor Ort entstanden. Die meisten Bücher im antiquarischen Bestand des Museums entstanden zwischen dem 16. und 19. Jahrhundert und wurden nicht nur in der Region, sondern international erworben – dennoch immer mit einem Bezug zu Tübingen.

Insgesamt konnte bis Sommer 2021 eine Auswahl von mehreren hundert Exlibris und rund tausend Büchern untersucht werden. Darunter befanden sich einige Verdachtsfälle.